4 Schengen-samarbeidet
Mens EØS-samarbeidet er et «to-pilarsystem» bestående av EFTA og EU, har EFTA ingen rolle i Schengen-samarbeidet. Island og Liechtenstein er også tilknyttet Schengen som assosierte medlemmer. Det er imidlertid intet krav om enighet mellom de assosierte landene før Schengen-relevante rettsakter kan godtas. EFTA-staten Sveits, som ikke er med i EØS, er også assosiert medlem av Schengen.
4.1 Deltakelse i Fellesorganet (Comix)
I motsetning til EØS-avtalen gir Schengen-tilknytningsavtalen tilgang til Rådets behandling av forslag gjennom det såkalte Fellesorganet. For å ivareta enhetlig gjennomføring og praksis sikrer Schengen-avtalen at Norge deltar i behandlingen av Schengen-relevante forslag på alle nivåer i Rådet (minister-, ambassadør-, og arbeidsgruppenivå). Dette arbeidet skjer i Fellesorganet (Mixed Committee, Comix) som består av EUs råd, Kommisjonen og de assosierte landene.
I praksis gjennomføres møtene i Fellesorganet ved at alle Schengen-relevante punkter på dagsorden samles i en egen del av rådsmøtene, der de assosierte landene deltar.
Fellesorganet har ingen beslutningsmyndighet. Det er Rådet og Europaparlamentet som fatter vedtak på forslag fra Kommisjonen. Norge og de andre Schengen-assosierte landene har talerett i Fellesorganet, men avgir ikke stemme. Dog kan de assosierte landene, i likhet med medlemsstatene, foreslå endringer til forslag fra Kommisjonen.
4.2 Deltakelse i komiteer og ekspertgrupper
Norge og de andre Schengen-assosierte landene fikk i 2011 en avtale om deltakelse i komitologi-komiteer under Schengen-samarbeidet. Dette omfatter møte-, tale- og forslagsrett, men ikke stemmerett. Kommisjonen skal også uformelt søke råd fra de assosierte landene på samme måte som fra eksperter fra medlemsstatene.
4.2.1 «Schengen-relevans»
Når Kommisjonen legger fram et forslag til rettsakt på justis- og innenriksområdet, må man ta stilling til om forslaget er «Schengen-relevant». Det vil si at forslaget er en videreutvikling av Schengen-regelverket, og omfatter felt som dekkes av Schengen-tilknytningsavtalen.
I all hovedsak er Norge og EU enige om hvilke rettsakter som skal anses som Schengen-relevante. Det har imidlertid forekommet at Norge og EU har hatt ulikt syn. Dette gjelder særlig ved videreutvikling av EUs politi- og strafferettslige samarbeid, der EU i enkelte tilfelle har tolket Schengen-avtalen snevrere enn norske myndigheter hadde ønsket.
Schengen-evaluering
Nye medlemsstater må gjennomgå særlige evalueringer før de får lov til å delta i Schengen-samarbeidet. Evalueringen omfatter områder som er relevante for ivaretakelse av Schengen-samarbeidets forpliktelser, herunder yttergrensekontroll, visum, relevant politisamarbeid og personvern. For å påse at hver enkelt stat overholder sine forpliktelser, også etter at de er trådt inn i samarbeidet, er det etablert en ordning med periodisk evaluering. Disse evalueringene gjennomføres av andre Schengen-stater.